He observado algunas webs donde las diferentes "secciones" de las mismas trabajan bajo subdominios.

Es decir, el blog está bajo blog.dominio.com el foro bajo foro.dominio.com

También he visto lo contrario, trabajan con carpetas. El foro está bajo dominio/foro el blog bajo dominio/blog

Para el SEO y el PR ¿Que es mejor?

es completamente igual porque aun asi cada URL se posiciona diferente en lo personal para una web prefiero subdominios

Yo igual prefiero subdominio se me hace mas práctico.