Como creo ya lo dijeron, una hook es un ancla, tu te engancha a esa hook para que tu funcion se ejecute en ese lugar sin editar los archivos. Por ejemplo, abre el archivo index.php y busca:

$plugins->run_hooks("index_start");

Cambialo por:

$plugins->run_hooks("index_start");
foo();

Tu funcion se ejecutara donde quieres, pero para evadir ediciones de archivos creas tu plugin y añades lo siguiente:

$plugins->add_hook("index_start", "foo");

Y elr esultado sera muy seguramente el mismo.

xD Ahora si la tengo más clara... Deborar textos de php... empezar con php para dummies, luego textos más complejos... Oopss! Trabajo es lo que hay...