Sé que pasó mucho tiempo desde la última respuesta a este problema, pero ayer me encontré con el mismo inconveniente y ya no sabía de qué dudar. Consulté algunos foros y no encontré respuesta. Finalmente solucioné el problema aumentando el tiempo de espera.
El camino en FileZilla es Editar / Opciones / Conexión / Tiempo de espera (que se define en segundos). Lo dejé en 0, que desactiva el tiempo de espera y de ese modo cada archivo toma el tiempo que necesite para cargarse. Fue la solución con la que los archivos más grandes consiguieron subirse. Saludos.