la verdad nunca probé hacerlo de esa forma, así que no estoy seguro pero proba solamente dejando -{url} osea el "-" antes de la url únicamente, igual también proba con solo {url}, ya que los errores según entiendo no eran por eso, si no por lo que configuraste mas arriba

Lo he intentado y no me funciona, alguien sabe como hacer para que las URL queden asi?

Quiero que en la url se note que el tema esta dentro de ese foro, es decir:

web.com/foro/foro-prueba/nombre-tema

No asi:

web.com/foro/nombre-tema

Lo he visto en foros hechos con myb, lo que quiere decir que si se puede hacer, pero como?

No entiendo lo de "DEBERIA ser asi". El mundo de la tecnologia funciona de otra forma, si tu no programas al sistema para que haga lo que necesitas, no lo va a hacer del aire.

Simple: 
No se puede quitar los prefijos (Tema-, Foro-, etc) de las URL por principios de funcionamiento de Google SEO.

El cuanto a lo de web.com/foro/tema, se puede hacer, aunque no de la misma forma. En la misma seccion de ajustes, cerca del final puedes encontrar Incluir foros parentales en las URLs de los temas?. Lee la descripcion y usalo.
Prueba a añadir 

{parent}-{url}

Ó 

{parent}/{url}

Revierte y aplica cambios en el core y .htaccess para hacer que funcione.

Saludos.