No entiendo lo de "DEBERIA ser asi". El mundo de la tecnologia funciona de otra forma, si tu no programas al sistema para que haga lo que necesitas, no lo va a hacer del aire.
Simple:
No se puede quitar los prefijos (Tema-, Foro-, etc) de las URL por principios de funcionamiento de Google SEO.
El cuanto a lo de
web.com/foro/tema, se puede hacer, aunque no de la misma forma. En la misma seccion de ajustes, cerca del final puedes encontrar
Incluir foros parentales en las URLs de los temas?. Lee la descripcion y usalo.
Prueba a añadir
Ó
Revierte y aplica cambios en el core y .htaccess para hacer que funcione.
Saludos.