Reputación tu mismo mencionas para que es, es como un sistema de puntos del foro simple y básico....

Las promociones es decir por ejemplo

Usuario esta en el grupo de registrados:
Si, Usuario hace, 15 mensajes, tiene 45 de reputación y tiene 365 dias de registro (La promoción), Usuario pasara de registrados a registrados2 (Cambia de grupo automaticamente cuando tiene los requisitos)

Sobre la reputación, a mi parecer es mejor desactivarla para los mensajes, puede ser mal usada por tus miembros fácilmente para darle reputación a cualquier miembro (por que en realidad no se le da reputación al mensaje, se le da al usuario por haber creado el mensaje).

Estaría mejor un plugin que permita dar "gracias" (o similares) a los mensajes/temas.

Y como dice Cluster, con las promociones puedes darle permisos automáticamente a los miembros con X mensajes a usar la reputación por ejemplo.

Gracias me quedo bastante claro!