Bueno a nivel codigo se podria decir que si, los sistemas de pago tienen "mejor" codigo, puesto que son developers que casi seguro estudiaron para eso y se les paga.
En el caso de los gratuitos (Free), en este caso MyBB, los desarrolladores son personas que trabajan en su tiempo libre de manera gratuita, y muy posiblemente no tengan diplomas como los otros.
En base de estilos, por lo mismo que el codigo si es cierto, puede que sea mas sencillo crearlos, pero muchos de ellos a decir verdad no son mas que simples modificaciones ligeras de CSS (ejemplo: casi cualquier foro que use vB 4 se identifica al instante, con suerte el cambian el color y de alli no pasan).
A cuanto plugins, los foros grandes, o de pago, cuentan con sistemas muy avanzados, como IPB con su sistema de Portal y Descargas, y vB que tiene integracion (creo) con WP. Pero casi todo eso es de pago.
Asi que al final es de si sabes o no adaptar MyBB para que se paresca a vB, etc..