Me parece que tu hablas de <cargarlo vs no cargarlo>, claro que si lo cargas, como sea que lo hagas, algo cambia.
Pero aquí yo estoy en <si lo vas a cargar, cárgalo lo mejor posible>. En este orden es como deberías cargarlo:
- headerinclude (usando las etiquetas <script>)
- Archivo independiente .js
- Dentro de un archivo .js que se carga en todas tus paginas (general.js)
¿Dices que el #1 es lo mismo que #3? No es lo mismo. Es algo tan básico y tan simple que me sorprende lo discutas.