Bueno dando vueltas por hay pille esta bonita librería javascript que sirve para manipular el favicon de nuestra web, algo parecido a lo de gmail.com, yo lo adaptare para mostrar el número de mensajes privados no leídos quedando algo así:

Lo primero que tenemos que hacer es bajarnos este archivo:
[attachment=1309]

Luego lo subimos a nuestra carpeta jscripts, luego vamos a nuestra plantilla headerinclude & agregamos esto donde más nos acomode:

<?php 

<script>

(function(){

    Tinycon.setBubble({$mybb->user['pms_unread']});

})();

</script>