Creo que se hacerlo:
Vas a Plantillas/Cabecera/Header
Y el logo, es un código que pone que sale la imagen desde la base de datos.
Lo que puedes hacer, creas un fondo con paint como dices tu, y justo delante de la parte que pone que sale el logo desde el htdocs en el header, pones:
<img src="link del fondo" alt="el texto que quieres que salga cuando pongan el ratón encima del fondo"/></a>
Y justo después viene el logo, así se verá el fondo y encima la imagen que serian solo letras.