Yo haría esto que mencionan todos, me pasaría todo el respaldo en local, luego desinfectaría todo, acto seguido subiria los archivos oficiales de MyBB, ahora ya correría el mantenimiento de MyBB completo. Con esto debería tener toda la info y cosas, excepto quizá adjuntos o imagenes infectadas, pero se pueden resubir con archivos nuevos que no esten infectados y ya esta.