Mañana voy a ver bien a fondo porque pasa... mientras tanto, puedes arreglarlo editando el archivo inc/class_parser.php.
Reemplaza las lineas 425 y 426:
preg_match_all("#\[(url(=[^\]]*)?\](.*?)\[\/url\]|quote=([^\]]*)?\])#i", $message, $bad_matches, PREG_PATTERN_ORDER);
$message = preg_replace("#\[(url(=[^\]]*)?\](.*?)\[\/url\]|quote=([^\]]*)?\])#si", "<mybb-bad-sm>", $message);
Por esto:
preg_match_all("#\[(url(=[^\]]*])?\](.*?)\[\/url\]|quote=([^\]]*)?\])#i", $message, $bad_matches, PREG_PATTERN_ORDER);
$message = preg_replace("#\[(url(=[^\]]*])?\](.*?)\[\/url\]|quote=([^\]]*)?\])#si", "<mybb-bad-sm>", $message);