Sí, vos tenes que subir lo que esta adentro de esas carpetas a las mismas carpetas que están en el FTP. Por ejemplo ponele que en plugin esté una carpeta
images, en el FTP hay una carpeta
images, vos subi el contenido del plugin (images) dentro de images del FTP; es algo confuso pero no sé como explicarte bien espero me entiendas