Seguramente te falta esto en el header para que te salten los alertas viste que en el theme default que te mandan un MP y te salta una barrita amarrilla arriba del navigation esas barras ;P

			{$pm_notice}
			{$bannedwarning}
			{$bbclosedwarning}
			{$unreadreports}
			{$pending_joinrequests}

Lo pones a lo ultimo del header y te deberian saltar esos alerta, el de profile comment te viene un codigo asi parecido a lo que muestro en el header para que te salte el alerta del profile comment, deberias buscarlo y ponerlo.

Ok, entonces creo que me funcionara, gracias