Mira.. en otro foro instale el mismo tema y aparece esto en el Header:

<div id="container">
		<a name="top" id="top"></a>
		<div id="panel">{$welcomeblock}</div><div id="header">
			<div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}" alt="{$mybb->settings['bbname']}" title="{$mybb->settings['bbname']}" /></a></div>
			<div id="toolbar">
			<div id="nav">
<span style="float:right;">
<ul>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/usercp.php"><span>User CP</span></a></li>
{$modcplink}
{$admincplink}
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/member.php?action=logout&amp;logoutkey={$mybb->user['logoutkey']}"><span>Logout</span></a></li>
</ul>
</span> 
<ul>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><span>Home</span></a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php"><span>Members</span></a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/search.php"><span>Search</span></a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/private.php"><span>Messages</span></a></li>
</ul>
			</div>
		</div>		
			<hr class="hidden" />
				</div>
		<hr class="hidden" />
		<br class="clear" />
		<div id="content">
			{$pm_notice}
			{$bannedwarning}
			{$bbclosedwarning}
			{$unreadreports}
			<navigation>
			<br />

Aver si te facilita la información para que puedas ayudarme.

EDITO: Ya lo solucione, aunque no queda centrado.
Asi es como tengo ahora el Header:

<div id="container">
<div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}" alt="{$mybb->settings['bbname']}" title="{$mybb->settings['bbname']}" /></a></div>

<div id="toolbar">
<div id="nav">
<ul>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php">Indice</a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php">Miembros</a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/search.php">Buscar</a></li>
<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/private.php">Mensajes</a></li>
</ul>
</div>
</div>

<br />
<div id="content">{$welcomeblock}</div>
        <div id="content">
            {$pm_notice}
            {$bannedwarning}
            {$bbclosedwarning}
            {$unreadreports}<!-- ProfileComments -->
            {$commentalert}<!-- /ProfileComments -->
<br />

Tema solucionado, tema cerrado!