ah, en todo caso el problema es que el script no se esta ejecutando, revisa el thread en ingles del myalerts, te manda a una wiki de la repo donde encontraras lo que hay que agregar en headerinclude en caso de que este no se instale por si solo

Supongo que decis esta pagina https://github.com/euantor/MyAlerts/wiki/Integrating
Que pongo en header include? no soy tan pro en esto che jajaj

ese es mi header include en que parte lo pongo.

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="{$lang->latest_threads} (RSS 2.0)" href="{$mybb->settings['bburl']}/syndication.php" />
<link rel="alternate" type="application/atom+xml" title="{$lang->latest_threads} (Atom 1.0)" href="{$mybb->settings['bburl']}/syndication.php?type=atom1.0" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset={$charset}" />
<meta http-equiv="Content-Script-Type" content="text/javascript" />
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/prototype.js?ver=1603"></script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/general.js?ver=1603"></script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/popup_menu.js?ver=1600"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/tipTip.css">
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="jscripts/jquery.tipTip.js"></script>
<script type="text/javascript" src="jscripts/jquery.tipTip.minified.js"></script> 
<script type='text/javascript'>
jQuery.noConflict();
jQuery(function() {
jQuery("a").tipTip({maxWidth: "auto", edgeOffset: 10,gravity: 'n'});
jQuery("img").tipTip({maxWidth: "auto", edgeOffset: 10,gravity: 'n'});
  });
</script>
<script type="text/javascript">
if (typeof jQuery == 'undefined')
{
	document.write(unescape("%3Cscript src='http://code.jquery.com/jquery-1.7.2.min.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
}
</script>
<script type="text/javascript">
	var unreadAlerts = {$mybb->user['unreadAlerts']};
</script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/myalerts.js"></script>
{$stylesheets}
<script type="text/javascript">
<!--
	var cookieDomain = "{$mybb->settings['cookiedomain']}";
	var cookiePath = "{$mybb->settings['cookiepath']}";
	var cookiePrefix = "{$mybb->settings['cookieprefix']}";
	var deleteevent_confirm = "{$lang->deleteevent_confirm}";
	var removeattach_confirm = "{$lang->removeattach_confirm}";
	var loading_text = '{$lang->ajax_loading}';
	var saving_changes = '{$lang->saving_changes}';
	var use_xmlhttprequest = "{$mybb->settings['use_xmlhttprequest']}";
	var my_post_key = "{$mybb->post_code}";
	var imagepath = "{$theme['imgdir']}";
// -->
</script>
<script type="text/javascript" src="jscripts/thx.js"></script>{$newpmmsg}

Viendo tu headerinclude, creo que esto, esta sobrando..

<script type="text/javascript">
if (typeof jQuery == 'undefined')
{
    document.write(unescape("%3Cscript src='http://code.jquery.com/jquery-1.7.2.min.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
}
</script>

Tienes dos scripts de la TipTip, solo deja el minified.

<script type="text/javascript" src="jscripts/jquery.tipTip.js"></script>
<script type="text/javascript" src="jscripts/jquery.tipTip.minified.js"></script> 

En cuanto a tu problema, estoy viendo que puede ser, & en la Wiki no veo nada..

https://github.com/euantor/MyAlerts#jquery-or-prototype

Listo le puse ese codigo de script que pasaste y ai funciono ;D

Gracias solucionado.
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Pregunta aparte puede pasar la traducion al español XD si no es mucho pedir.

No esta terminada, no es muy larga, te recomiendo traducirla por ti mismo o esperara que la termine aparte le estoy puliendo unos detalles