A que te refieres con "suave"?

¿Que se haga más lento, o que no halla tanta opacidad?

A que el cambio sea como con transición, ya que aquí pasa la opacidad de 0.9 a 1 de golpe.

PD: Le puse esos valores para que no sé note el cambio tan brusco.

Con "duration: 0.7" no te cambia el tiempo que tarda en hacer el efecto?

Si lo cambia por eso lo puse, ya que antes lo hacía mas rapido

No pasa nada, y deja de funcionar el efecto Shake..

Si & esta descontinuado, pero quiero armar el foro solo con prototype para no tener problemas con otras librerías..

La verdad no lo había pensado & solo me estoy complicando -.- Pero haré el cambio de opacidad con CSS con transiciones & hover :p

Gracias por la ayuda. Aunque igual seguiré usándolo por ahora XD

Te edité el post de arriba con una posible solución, pero no sería solo con prototype, ya que tendrías que añadir las librerías JQuery.

Además, no deberías tener problemas en usar prototype junto a jQuery, dado que jquery tiene el no.conflict, que añadiendolo al inicio del código puedes alternar prototype $('element) [etc]y jQuery jQuery('element') [etc].

Solo con prototype, si no me equivoco no es posible.