...
Si esto:
$query = $db->simple_select('threads', 'COUNT(tid) AS aportes', "uid='{$memprofile['uid']}'");
$memprofile['aportes'] = my_number_format(intval($db->fetch_field($query, 'aportes')));
Te pone el numero total de temas (como ya dijiste , si funciona), entonces esto:
$query = $db->simple_select('threads', 'COUNT(tid) AS aportes', "uid='{$memprofile['uid']}' AND prefix='X'");
$memprofile['aportes'] = my_number_format(intval($db->fetch_field($query, 'aportes')));
Deberia funcionar, igual el 12 no era el FID correcto.