yo probe copiando tu header y me quedo bien ._.
mira como tengo tu header

<a name="top" id="top"></a> 
<!--<div class="tcat"><small>Bienvenido a <b>NeverFall</b></b></small></div>--> 
<!--<div id="headersection">--> 
<div class="header"> 
<!--<div class="logo">--> 
<a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}" border="0" alt="{$mybb->settings['bbname']}" title="{$mybb->settings['bbname']}" width="228" height="45" /></a></div><!--</div>-->  
<ul id="menu" align="center"> 
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<li><a href="http://www.neverfall.co.cc/portal.php" title="Portal"><b>Portal</b></a></li> 
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<li><a href="http://www.neverfall.co.cc/memberlist.php" title="Lista de Miembros"><b>Lista de Miembros</b></a></li> 
<li><a href="http://www.neverfall.co.cc/calendar.php" title="Calendario"><b>Calendario</b></a></li> 
<li><a href="http://www.neverfall.co.cc/misc.php?action=help" title="Ayuda"><b>Ayuda</b></a></li> 
<!--<li><a href="http://neverfall.co.cc/bugreport/pagina.html" title="Reportar un Bug"><b>Bug Report</b></a></li>--> 
</ul> 
</div> 
</div> 

eso tu lo substituyes y ves como arreglas para que aparezca la imagen del logo

y css creo que no toque nada ._., aquí te dejo que cosas copie para ver si eran esas

.header {
background-color: #2D2E33;
height:45px;
padding-left: 100px;
padding-top: 10px;
padding-bottom: 10px;
}

.logo {
float:left;
margin:0px 0px 0px 10px;
width:228px;
height:45px;
}

#headersection {
height:45px;
margin:0;
padding:0;
}

no se tu prueba, si no me crees que lo tengo solucionado te muestro screen xd

Es el header ,el margin-top ,ponle un poco menos y verás que teng razón

No es una papeleta , margin-top ,significa a cuanto quieres ponerlo de arriba y el bottom ,es otra cosa muy diferente.


Ahora te lo aarreglo.

Ya lo sé xD, me refiero a la payasada que dije yo antes, pero es igual, dejalo