Buenas de nuevo.
Al final, me puse a agregar el Menú del Theme Nova.
Solo que no se visualiza bien.
Lo podeis ver en mi foro : villawarez.saapy.com
Os digo como agregue el header : 
1. Le dí a Agregar Hoja de Estilo, y cree una llamada Header.css con el siguiente código :
Modo Simple :
Selector : #Toolbar
Fondo : #202020 url(images/Nova/header/navbg.png) top left repeat-x
CSS Adicional : height: 61px;
Modo Avanzado :
.topbar {
	height: 9px;
	width: 100%;
	background: #222222;
}
.logo {
	height: 108px;
	width: 100%;
	background: #fff url(images/Nova/header/logobg.png) top left repeat-x;
}
#toolbar {
	background: #202020 url(images/Nova/header/navbg.png) top left repeat-x;
	height: 61px;
}
#topnav {
	float: left;
	height: 61px;
	padding-left: 5px;
	margin: 0px;
	z-index: 100;
}
#topnav ul {
	margin: 0;
	padding: 0;
}
#topnav li {
	float: left;
	margin: 0;
	padding: 0px;
	position: relative;
	padding-right: 1px;
	line-height: 16px;
	list-style-type: none;
}
#topnav li a {
	display: block;
	float: left;
	color: #ccc;
	text-decoration: none;
	padding: 16px 23px 13px;
	font-size: 16px;
	font-weight: bold;
	font-family: Arial Narrow, Arial, Helvetica, sans-serif;
}
#topnav li a span {
	color: #666;
	font-size: 11px;
	font-weight: normal;
	font-family: "Segoe UI", Arial, Helvetica, sans-serif;
}
#topnav li a:hover, #topnav li:hover a, #topnav li.sfhover a {
	color: #ddd;
}
#topnav li.chosen a span {
	color: #aaa;
}
#topnav li:hover span, #topnav li.sfhover span {
	color:#999;
}
#topnav li li {
	width: 170px;
	height: auto;
	padding: 0px;
	margin: 0px;
	border-bottom: 1px solid #313131;
}
#topnav li li a, #topnav .chosen li a, #topnav li:hover li a, #topnav li.sfhover li a {
	background: none;
	display: block;
	height: 30px;
	line-height: 30px;	
	padding: 0 0 0 22px;
	width: 148px;
	float: none;
	color: #999;
	font-size: 13px;
	text-decoration: none;
	font-family: "Segoe UI", Arial, Helvetica, sans-serif;
	font-weight: normal;
}
#topnav li li a:hover, #topnav .chosen li a:hover {
	background: #1a1a1a;
	color: #ccc;
	text-decoration: none;
}
#topnav li ul {
	background: #1d1d1d;
	clear: both;
	position: absolute;
	height: auto;
	width: 170px;
	top: 61px;
	left: -999em;
	z-index: 100;
	border-right: 1px solid #313131;
	border-left: 1px solid #313131;
}
#topnav li:hover ul, #topnav li.sfhover ul {
	left: auto;
}
#toplinks {
	float: right;
	margin-top: 15px;
	margin-right: 30px;
}
#toplinks ul {
	float: left;
	width: auto;
}
#toplinks ul, #toplinks ul li {
	padding: 0;
	margin: 0;
	list-style: none;
	/*font-family: arial, sans-serif;*/
}
#toplinks ul li {
	float: left;
	font-size: 12px;
}
#toplinks ul li.time {
	padding-right: 10px;
}
#toplinks ul li a:link, #toplinks ul li a:visited {
	/*color: #444;*/
	padding: 0 10px;
	border-left: 1px solid #e0e0e0;
	/*text-decoration: underline;*/
	color: #4C96D1;
}
#toplinks ul li a:hover {
	color: #4C96D1;
}
#toplinks {
	float: right;
	margin-top: 15px;
	margin-right: 30px;
}
#toplinks ul {
	float: left;
	width: auto;
}
#toplinks ul, #toplinks ul li {
	padding: 0;
	margin: 0;
	list-style: none;
	/*font-family: arial, sans-serif;*/
}
#toplinks ul li {
	float: left;
	font-size: 12px;
}
#toplinks ul li.time {
	padding-right: 10px;
}
#toplinks ul li a:link, #toplinks ul li a:visited {
	/*color: #444;*/
	padding: 0 10px;
	border-left: 1px solid #e0e0e0;
	/*text-decoration: underline;*/
	color: #4C96D1;
}
#toplinks ul li a:hover {
	color: #4C96D1;
}
Luego la plantilla header.php la deje así :
<a name="top" id="top"></a>
<div class="topbar"></div>
			<div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}" alt="{$mybb->settings['bbname']}" title="{$mybb->settings['bbname']}" align="left" /></a>			 <div id="toplinks"> 
				<ul> 
						<li class="time">{$lang->welcome_current_time} </li> 
						<li><a href="{$mybb->settings['contactlink']}">{$lang->bottomlinks_contactus}</a></li> 
						<li><a href="#">Link here</a></li> 
						<li><a href="#">Link here</a></li> 
				</ul><br />
				<form method="post" action="{$mybb->settings['bburl']}/search.php">
					<input type="hidden" name="action" value="do_search">
					<input type="hidden" name="postthread" value="1">
					<input type="hidden" name="forums" value="all">
					<input type="hidden" name="showresults" value="threads">
					<input type="text" id="buscar_caja" name="keywords" value="Buscar en los foros..." onfocus="if(this.value == 'Buscar en los foros...') { this.value = ''; }" onblur="if(this.value=='') { this.value='Buscar en los foros...'; }">
					<input type="submit" " value="Buscar">
				</form>
			</div> </div></div>
	<div id="toolbar">
	<ul id="topnav"> 
	<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/portal.php">Inicio<br /><span>Portal del foro</span></a><ul> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li></li>
</ul>
	<li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php">Foros<br /><span>Índice del foro</span></a> 
<ul> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li>  
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
</ul>	
	</li><li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php">Miembros<br /><span>Todos los registrados</span></a> 
<ul> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
			<li><a href="#">Link Aquí</a></li> 
</ul>
	
</li><li>
	<a href="{$mybb->settings['bburl']}/showteam.php">Staff<br /><span>Encargados del foro</span></a></li>
</div>
<br />
<br />
<br />
<div id="container">
{$welcomeblock}
		<hr class="hidden" />
		<br class="clear" />
		<div id="content">
			{$pm_notice}
			{$bannedwarning}
			{$bbclosedwarning}
			{$unreadreports}
			{$pending_joinrequests}
			<br />
Aver si sabeis que pasa.
Saludos.