Mira.. en otro foro instale el mismo tema y aparece esto en el Header:
Código PHP:
<div id="container">
        <
a name="top" id="top"></a>
        <
div id="panel">{$welcomeblock}</div><div id="header">
            <
div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}alt="{$mybb->settings['bbname']}title="{$mybb->settings['bbname']}/></a></div>
            <
div id="toolbar">
            <
div id="nav">
<
span style="float:right;">
<
ul>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/usercp.php"><span>User CP</span></a></li>
{
$modcplink}
{
$admincplink}
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/member.php?action=logout&amp;logoutkey={$mybb->user['logoutkey']}"><span>Logout</span></a></li>
</
ul>
</
span
<
ul>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><span>Home</span></a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php"><span>Members</span></a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/search.php"><span>Search</span></a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/private.php"><span>Messages</span></a></li>
</
ul>
            </
div>
        </
div>        
            <
hr class="hidden" />
                </
div>
        <
hr class="hidden" />
        <
br class="clear" />
        <
div id="content">
            {
$pm_notice}
            {
$bannedwarning}
            {
$bbclosedwarning}
            {
$unreadreports}
            <
navigation>
            <
br /> 

Aver si te facilita la información para que puedas ayudarme.

EDITO: Ya lo solucione, aunque no queda centrado.
Asi es como tengo ahora el Header:
Código PHP:
<div id="container">
<
div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}alt="{$mybb->settings['bbname']}title="{$mybb->settings['bbname']}/></a></div>

<
div id="toolbar">
<
div id="nav">
<
ul>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php">Indice</a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php">Miembros</a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/search.php">Buscar</a></li>
<
li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/private.php">Mensajes</a></li>
</
ul>
</
div>
</
div>

<
br />
<
div id="content">{$welcomeblock}</div>
        <
div id="content">
            {
$pm_notice}
            {
$bannedwarning}
            {
$bbclosedwarning}
            {
$unreadreports}<!-- ProfileComments -->
            {
$commentalert}<!-- /ProfileComments -->
<
br /> 
Tema solucionado, tema cerrado!