Hm, he probado desde Firefox y sí que los marca, así que el problema es Chrome. Siendo un solo navegador no me importaría demasiado si no fuese porque es de los que más se usan.

@Papichulo: he probado a cambiarlo, pero al hacerlo directamente la función de marcar como leído no funciona
juer, no me explico entonces, amigo debe ser algun plugin que interactue con esa plantilla
Vaaale, he probado a entrar como invitado y así sí se marcan, pero si loggeas (desde Chrome) dice marcar, pero al volver al índice sale como si tuviese mensajes nuevos

EDIT: de hecho, probando desde otros navegadores pasa lo mismo en todos. Como invitado se marcan, si loggeas no. El único que parece no tener ese problema es Firefox.
respalda tus plantillas del forumbit y reviertelas... ve si se soluciona Wink
:)
He probado instalando otros estilos y utilizando esos, pero desde esos tampoco se marca.
pudieras ponerme tus plantillas headerinclude, header y header_welcomeblock_guest
:)
headerinclude:

Código:
<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="{$lang->latest_threads} (RSS 2.0)" href="{$mybb->settings['bburl']}/syndication.php" />
<link rel="alternate" type="application/atom+xml" title="{$lang->latest_threads} (Atom 1.0)" href="{$mybb->settings['bburl']}/syndication.php?type=atom1.0" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset={$charset}" />
<meta http-equiv="Content-Script-Type" content="text/javascript" />
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/prototype.js?ver=1603"></script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/general.js?ver=1603"></script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/popup_menu.js?ver=1600"></script>
{$stylesheets}
<script type="text/javascript">
<!--
    var cookieDomain = "{$mybb->settings['cookiedomain']}";
    var cookiePath = "{$mybb->settings['cookiepath']}";
    var cookiePrefix = "{$mybb->settings['cookieprefix']}";
    var deleteevent_confirm = "{$lang->deleteevent_confirm}";
    var removeattach_confirm = "{$lang->removeattach_confirm}";
    var loading_text = '{$lang->ajax_loading}';
    var saving_changes = '{$lang->saving_changes}';
    var use_xmlhttprequest = "{$mybb->settings['use_xmlhttprequest']}";
    var my_post_key = "{$mybb->post_code}";
    var imagepath = "{$theme['imgdir']}";
// -->
</script>
{$newpmmsg}

<link rel="icon" href="http://pokemonendeavor.net76.net//images/rgmodr/favicon.ico" />


header:

Código:
<div id="container">
        <a name="top" id="top"></a>
<div id="header">
        <div class="menu">
                <ul>
                    <li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/search.php">&nbsp;&nbsp;{$lang->toplinks_search}</a></li>
                    <li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/memberlist.php">&nbsp;&nbsp;{$lang->toplinks_memberlist}</a></li>
                    <li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/calendar.php">&nbsp;&nbsp;{$lang->toplinks_calendar}</a></li>
                    <li><a href="{$mybb->settings['bburl']}/misc.php?action=help">&nbsp;&nbsp;{$lang->toplinks_help}</a></li>
                </ul>
            </div>
                    
                                   
                        <div class="logo"><a href="{$mybb->settings['bburl']}/index.php"><img src="{$theme['logo']}" alt="{$mybb->settings['bbname']}" title="{$mybb->settings['bbname']}" /></a></div>
            
            <hr class="hidden" />
            <div id="panel">
                {$welcomeblock}
            </div>
        </div>
        <hr class="hidden" />
        <br class="clear" />
        <div id="content">
            {$pm_notice}
            {$bannedwarning}
            {$bbclosedwarning}
            {$unreadreports}
            {$pending_joinrequests}
            <navigation>
            <br />


header_welcomeblock_guest

Código:
<div style="padding-top: 20px; padding-left: 10px; padding-right: 10px;">

<div style="float: left;">


     <form action="member.php" method="post">
&nbsp; Hello There, Guest!!
<input type="text" class="login" name="username" value="Username" onfocus="if(this.value == 'Username') { this.value = ''; }" size="25" maxlength="{$mybb->settings['maxnamelength']}" style=" color: #595641; background-image: url({$theme['imgdir']}/input_box.png); background-repeat: repeat-x; width: 120px; height: 15px; padding: 3px 0px 2px 0px; border-top: 1px solid #66624a; border-left: 1px solid #66624a; border-right: 1px solid #b5af89; border-bottom: 1px solid #b5af89;"/>
<input type="password" class="login" name="password" value="password" onfocus="if(this.value == 'password') { this.value = ''; }" style=" color: #595641; background-image: url({$theme['imgdir']}/input_box.png); background-repeat: repeat-x; width: 120px; height: 15px; padding: 3px 0px 2px 0px; border-top: 1px solid #66624a; border-left: 1px solid #66624a; border-right: 1px solid #b5af89; border-bottom: 1px solid #b5af89;"/>
<input type="submit" class="button" name="submit" value="" style="background-image: url({$theme['imgdir']}/buttons/login.png); background-repeat: no-repeat; width: 60px; height: 22px; border: 0px;"/>
<input type="hidden" name="action" value="do_login" />
<input type="hidden" name="url" value="{$redirect_url}" />
     </form>
</div>
<span class="remember_me"><input name="quick_remember" type="checkbox" checked="checked" value="yes" class="checkbox" id="quick_login_remember"><label for="quick_login_remember"> Remember me</label></span>


     <div style="float: right;">
     <div style="padding-top: 0px; padding-left: 5px; padding-right: 10px;">
<span style="float: right;">{$lang->welcome_current_time}</span><br />
<b><a href="{$mybb->settings['bburl']}/member.php?action=register">{$lang->welcome_register}</a> | <a href="{$mybb->settings['bburl']}/member.php?action=lostpw">{$lang->lost_password}</a></b>


     </div>
     </div>
</div>



que raro pero al parecer el problema no es incompatibilidad si no un problema en el link de "marcar como leidos"

como ultimo mandame tu plantilla index_boardstats
:)
index_boardstats

Código:
<table border="0" cellspacing="{$theme['borderwidth']}" cellpadding="{$theme['tablespace']}" class="tborder">
<thead>
<tr>
<td class="thead">
<div class="expcolimage"><img src="{$theme['imgdir']}/collapse{$collapsedimg['boardstats']}.gif" id="boardstats_img" class="expander" alt="[-]" title="[-]" /></div>
<div><strong>{$lang->boardstats}</strong></div>
</td>
</tr>
</thead>
<tbody style="{$collapsed['boardstats_e']}" id="boardstats_e">
{$whosonline}
{$birthdays}
{$forumstats}
<tr>
    <td class="tfoot" style="text-align: right">
        <span class="smalltext">
            {$logoutlink}
            <a href="misc.php?action=markread&my_post_key={$mybb->post_code}">{$lang->markread}</a> |
            <a href="showteam.php">{$lang->forumteam}</a> |
            <a href="stats.php">{$lang->forumstats}</a>
        </span>
    </td>
</tr>
</tbody>
</table>
<br />