Por eso.. Ya lo probe con THIS y no sale
Código PHP:
<?php
switch(THIS_SCRIPT)
{
case 
'portal.php':
$Portal " class=\"active\"";
break;
case 
'index.php':
$Index " class=\"active\"";
break;

?>

pon eso en tu header
Código:
<li{$Portal}><a href="{$settings['bburl']}/portal.php">Portal</a></li>
<li{$Index}><a href="{$settings['bburl']}/">Index</a></li>
esos seran tus enlaces

modifica el php de acuerdo a los enlaces que quieras agregar...
Hola ~ice, gracias por la ayuda.
Pero cuando pongo el codigo php dentro del Cabecera/Header
Si lo pongo en el medio se borra el codigo php y todo lo que está abajo de la plantilla.
Si lo pongo al final , cuando le doy a Guardar se borra el codigo php.
Bueno, ya lo probé y anda. Te digo lo que necesitás:
El plugins de templates y conditionals versión 1.9 (lo linkeó sama)

Y fijate de agregar en el header el código que puso ice, siempre poniendo en mayúsculas la inicial, sino NO anda:

case 'portal.php':
$Portal = " class=\"active\"";
break;