Los plugins automaticamente incluyen al instalarse scripts o cosas que se requieren para su uso en plantillas o cosas que uno le diga, entonces quiza algun plugin te deje de funcionar si revertiste al original. (los que hagan uso de algun script adicional)
En tu caso es un fallo de algun script que creaba el conflicto.
Estos son declarados en el headerinclude, debes analizar que plugin creo el conflicto y asi mismo intentar darle solución.
A veces los programadores, pues no nos damos cuenta y sin querer dejamos algun bug, entonces cuando desinstalas un plugin si no pusimos que elimine los contenidos que se crearon, al activarlo de nuevo se crea una doble línea de código y es lo que te crea el conflicto interno que provoca los errores.
Asi que ahora debes mirar que plugin incluye algun archivo de jscript para analizarlo (son procesos algo complejos) Sin embargo todo tiene solución pero es cosa de dedicarle su tiempo xD.