Lo que mencionas es lo que dije ya, pero no siempre se incluyen en etiquetas head, en ocasiones cuando agregas alguna funcion debes ponerlos en el cuerpo, justo después de solicitar la función, lo de la prioridad es relativamente en función de prioridades como dices, pero en este caso como son códigos meramente independientes da igual donde los coloques, la única forma de corromper los códigos o que no funcionen es porque escribiste mal el código de una sentencia previa y por eso manda error, pero para eso hay debuggers,
En este caso del scripts no tiene caso meterlo sino al final del último scripy y en la plantilla headerinclude es justamente el contenido de head, que siempre es llamado por todas las plantillas de MyBB por eso ahi se ponen cuando son de acceso a todo el foro.
Y si es en una página específica lo pones en la plantilla que trae dicha información en la parte que deseeas agregarlo y es todo ya que es un script temporal, no se quedará por siempre ahi, saludos...
Eso que dices de no siempre va en head es mejor ponerlo en el fondo justo antes de head, no tiene lógica alguna, porque eso de en el fondo no existe en eso que mencionas, al menos para alguien que sabe programación no lo tiene, entre las etiquetas head es esto:
<head>todo el contenido de estas etiquetas</head>
Eso es una etiqueta, al menos en el lenguaje HTML y sus respectivos sucesores vale asi.
Lo de carga en prioridad si tiene mucha lógica y es recomendable hacer uso de las funciones o llamados a archivos de manera progresiva en orden de importancia, saludos...