En el ACP en la sección de usuarios, seleccionas los que quieras eliminar y bajas, en la selecciona escoges "Eliminar Usuarios".
Si quieres eliminarlos automáticamente, por ejemplo, usuarios inactivos con x mensajes, usuarios sin activar después de x tiempo, hay algunos plugins para eso y aparte MyBB tiene un sistema de borrado de usuarios.
Edit:
Yo no aconsejaría tocar la DB si no sabes lo que haces.