Hay 2 metodos para poner un favicon y uno funciona en unos navegadores y otro en otros
:)
Código:
<link rel="shortcut icon" href="favicon.ico" />

Algunas veces suele demorar en aparecer en IE (es una caca ese explorador)
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Te comento que tambien hay un plugin que te permite incluso tomar una imagen .gif animada y usarla como favicon para todos los navegadores.
Tema solucionado, ya se ve en IE también.