Eso es muuuuy raro naaa, no es anda raro xD
Cuando vas a usar myalerts en alguna parte te plantean la retórica pregunta ¿prototype or jquery?
Sería de buscar donde se cambia, pero el problema radica en que capaz ese jquery (que debes estar usando jquery) del plugin que instalaste no tiene la propiedad jquery.noclonfict(); para hacerlo compatible con prototype.
Investigo y regreso
Ya encontré lo que yo decía xD
Entra a las plantillas de tu theme y ve al grupo de plantillas "plantilla sin grupo" de ahí te vas a la la plantilla headerinclude y eliminas cualquier mención que haga referencia a myalerts y lo reemplazas por lo siguiente:
Código PHP:
<?php
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/scriptaculous.js?load=effects"></script>
<script type="text/javascript" src="{$mybb->settings['bburl']}/jscripts/myalerts.prototype.js"></script>
O mejor pega por acá el contenido de la plantilla que te mencioné anteriormente, eso o al msn don Juanpe xD aunque mejor por acá xD