Hola, no tengo una solución directa a tu problema, pero quería comentar que a veces también me ha sucedido lo mismo, pero en localhost.
A mí no me pasó con las plantillas, sino con las hojas de estilo, quise añadir 137 líneas de código CSS al global.css y cuando guardaba los cambios, me aparecían solo unas 20 o 30 líneas agregadas, y pues recurrí a crear una nueva hoja de estilos.
No sé si haya un límite de caracteres que se puedan guardar en las plantillas u hojas de estilo, o si el procesamiento de datos al enviar el código pasé por una condicional de límite de caracteres, o si el problema sea propio del servidor, pero he tenido un problema similar al tuyo.
No creo que sea problema de MyBB, estoy empezando a sospechar que esto se debe a la configuración del hosting, pero bueno, ojalá alguien nos saque de dudas.
Saludos.